Naruto est de retour et a bien grandi, mais n'a pas changé et est toujours aussi désireux de ramener Sasuke. Bien qu'étant toujours officiellement un genin, il passe un test probant aux côtés de Sakura en parvenant à prendre les clochettes à Kakashi dont il intègre l'équipe avec Sakura. Alors que Tsunade désire le ménager (et le protéger, car il est une cible de l'Akatsuki), le rapt de Gaara change la donne et Naruto est envoyé au Pays du Sable où il fera tout pour le sauver.
Il doit ensuite cohabiter avec de nouveaux équipiers, Sai et Yamato, ce qui se révélera difficile, la diplomatie n'étant pas son fort. L'équipe Kakashi parvient enfin à retrouver Sasuke, mais hélas une fois encore Naruto se révèle trop faible pour le retenir. Au cours de l'expédition, on découvre le danger que représente Kyûbi quand il parvient à posséder Naruto car celui-ci perd le contrôle de ses émotions et de lui-même. Kakashi décide alors de lui enseigner une nouvelle technique de rang S, sa propre technique, en utilisant le Tajû kage bunshin pour démultiplier la vitesse d'apprentissage et permettre à Naruto d'assimiler le changement de forme et de nature du chakra (de type vent pour lui). Le Rasenshuriken se révélera très efficace contre Kakuzu, mais les dangers de son utilisation amèneront Tsunade à lui en interdire l'utilisation.
Jiraiya mort, on apprend l'identité des parents :de Naruto rien de moins que le Yondaime (Namikaze Minato) et une ninja du pays des tourbillons, Uzumaki Kushina. Naruto est donc l'héritier du Quatrième Hokage, et une responsabilité énorme pèse sur ses épaules: stopper Pain qui arrive à Konoha, déterminer à le capturer. Afin d'y faire face, Naruto a subi l'entraînement de son maître Jirayia auprès des grenouilles du mont Myoboku et a maîtrisé le "mode sennin" c'est-à-dire l'usage du chakra présent dans la nature ce qui renforce considérablement ses capacités.
cela réussira t il cOnter pain ?